耕地保护目标和永久基本农田的区别在于其保护的范围和目的不同。

耕地保护目标是指保护耕地资源不受过度开发和破坏，维持耕地数量和质量的稳定，以确保粮食安全和农村经济可持续发展。

而永久基本农田则是划定的一些具有很高农业生产潜力的农田，对这些农田进行保护，禁止将其用于非农业用地，并在农业用地利用计划中确定这些土地的用途，以保护农业资源和生态环境。

因此，耕地保护目标是一项保护农业资源和经济发展的综合性工作，而永久基本农田保护则是一项重点保护优质农业土地的措施。