城镇居民占用农村土地建房，办证不通过，但却在村委会登记办理了房屋证，这种情况并不合法。

首先，农村土地是属于集体所有，不能被个人或单位私自占用或建房。其次，如果办证不通过，则说明违反了法律和规定，没有取得建房的合法权利，村委会办理的房屋证并不合法。

在这种情况下，如果涉及到城镇居民非法占用农村土地建房，相关部门有权依法采取措施进行制止，对于已经建成的房屋，可以要求拆除或者按照与村民协商一致的方式进行相应的土地租赁或购买手续，并按照相应规定支付相应的费用。

因此，建议相关当事人及时与相关部门沟通并按照法律规定处理此事，以避免可能带来的不良影响和后续法律责任。